Etikettarkiv: Små peptider

Små peptiders funktion kartläggs

Simon Elsässer, biokemist vid Karolinska Institutet och SciLifeLab. Foto: Gonzalo Irigoyen
Simon Elsässer, biokemist vid Karolinska Institutet och SciLifeLab. Foto: Gonzalo Irigoyen

Mycket små proteiner i våra celler, så kallade mikroproteiner eller peptider, spelar en viktig roll för cellens normala funktion och i uppkomsten av sjukdomar. Men ännu är dessa inte särskilt väl kartlagda. Simon Elsässer bedriver banbrytande forskning om dessa små proteiners betydelse.

Biokemisten Simon Elsässer genomförde sin grundutbildning i Tyskland och kom till Karolinska Institutet och SciLifeLab 2015 efter doktorandstudier i USA och postdoc-arbete i Storbritannien. Han har alltid intresserat sig för proteinstruktur och funktion och började arbeta med mycket små kedjor av aminosyror vid Karolinska Institutet.
– De stora proteinerna är mycket mer beforskade, men de här små kodsekvenserna, som innehåller mellan ett dussin och ett 70-tal aminosyror, är fortfarande ganska okänd terräng. Därför är det viktigt att kartlägga deras roll för normal cellfunktion och uppkomst av sjukdomar som cancer, berättar Simon.

Nya metoder
Forskningen har två fokusområden: att utveckla ny teknologi och metoder som möjliggör studiet av små peptider samt att upptäcka och kartlägga deras funktioner. Det är ett arbete med utmaningar, eftersom de små peptiderna tenderar att förändras snabbt i evolutionen och endast kan uttryckas i vissa celltyper eller under vissa förhållanden.
– Nya teknologier är viktiga för att kunna visualisera peptiderna inne i den levande cellen och avgöra deras olika interaktioner och funktioner, förklarar han.
Forskargruppen använder sig bland annat av gensaxen CRISPR/Cas9 och cancercellinjer för att identifiera nya funktionella peptider som modulerar tumörtillväxt, läkemedelsresistens, med mera.
– Genom ökad kunskap om de små peptiderna och deras användbarhet som biomarkörer kan man enklare klassificera tumörer och utveckla nya behandlingsstrategier, exempelvis skräddarsydd immunoterapi. Det vi gör är grundforskning; nästa steg är att studera peptidernas funktion i primärtumörer i en mer klinisk miljö, säger Simon.

Bygger plattform
Forskningen finansieras av Stiftelsen för strategisk forskning inom ramen för programmet Framtidens forskningsledare.
– Det är en fantastisk möjlighet att skapa ett brett tvärdisciplinärt nätverk, och ledarskapsutbildningen är en chans att utvecklas på både ett professionellt och personligt plan. Inte minst kan jag nu bygga en stark plattform för min framtida forskning.

Klicka här för att läsa mer om mig och min forskning

KI / SciLifeLab – Små peptider

Det finns stora mängder peptider i mänskliga celler, men deras funktion är lite av ett mysterium. Analyser av genom och masspektrometriska studier visar att många av dem är involverade i humanbiologi och kan relateras till sjukdomar. Syftet med projektet är att på ett systematiskt sätt kartlägga de korta peptider som kodas av sORFs och bestämma deras subcellulära lokalisering och molekylära funktion. Simon Elsässers arbete syftar till att förstå funktionen hos mångfalden av peptider hos människan, samt identifiera potentiella biomarkörer och peptider som modulerar tumörcellers svar på behandling. Forskningen finansieras bland annat av Stiftelsen för strategisk forskning, Ragnar Söderbergs stiftelse och Karolinska Institutet.

scilifelab.se/researchers/simon-elsasser/