Etikettarkiv: Bioinformatik

Nyckel till framtidens diagnostik och läkemedel

Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav
Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav

Bioinformatik är grundläggande för dagens högteknologiska medicinska och biologiska forskning, där stora mängder data analyseras. På Sahlgrenska Akademin har en avancerad infrastruktur byggts upp, med metoder och verktyg som revolutionerar diagnostik och behandling av sjukdomar.

Bioinformatik är ett tvärvetenskapligt forskningsområde, som rör sig mellan biologi och datavetenskap. Det handlar om datorstödd hantering av DNA-, RNA- och proteinsekvensdata, något som har stor betydelse för nästan all biomedicinsk forskning.
– Det är ett komplext vetenskapligt område, där stora mängder information produceras, bearbetas och analyseras. Vi erbjuder avancerad teknisk utrustning, utbildning och vår egen expertis till forskare inom framför allt biomedicin och naturvetenskap. Vi har också egen forskning inom bland annat metodutveckling, berättar Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin.

Flera discipliner
Faciliteten har experter inom bioinformatik, statistik och mjukvaruteknologi. Fokus är inom genomikdata, inklusive MPS, Massive Parallel Sequencing. Där studeras organismers DNA- och RNA-sekvenser, för att hitta exempelvis mutationer eller olika genuttryck i hela genom samt i enskilda celler.
En viktig del av verksamheten är att utveckla nya metoder, teknologier och strategier inom bioinformatik. I detta samverkar BCF nära ett flertal andra lärosäten: förutom Göteborgs universitet, bland annat Chalmers, Karolinska institutet och Heidelberg universitet.
Exempelvis pågår ett projekt för att utveckla verktyg för icke-invasiv cancerdiagnostik och bedömning av återfallsrisk genom att studera mutationer i gensekvenser. Ett annat projekt är att med AI undersöka variabler i isotoper som används i cancerstrålning, för att identifiera biomarkörer som visar att strålningen är korrekt riktad och doserad. Ytterligare ett forskningsprojekt är att använda MPS-data för att identifiera gener och markörer i lever och blod som förutsäger risk för stroke.

Finansiering avgörande
BCF har stärkts med hjälp av ett stort bidrag från Stiftelsen för strategisk forskning, som Marcela tilldelades i programmet Infrastructure Research Fellows.
– Det har varit avgörande när vi har utvecklat verksamheten och för vår egen forskning. Tyvärr finns inte så mycket finansiering för infrastrukturer, trots att dessa är grundläggande för så mycket annan forskning och kommer så många tillgodo.

Göteborgs Universitet – Bioinformatik

Vår uppgift är att vara en hubb för expertis inom bioinformatik och statistik för forskare och studenter genom att tillhandahålla datanalys, konsulttjänster och utbildning. Syftet är att underlätta och stödja meningsfull och tillförlitlig biomedicinsk forskning i den absoluta frontlinjen, samtidigt som vi erbjuder en konkurrenskraftig arbetsmiljö.

cf.gu.se/bioinformatics

Högskolan i Skövde bygger ut sin företagssamverkan

INFINIT är det enskilt största forskningsinitiativet som har gjorts av extern forskningsfinansiär vid Högskolan i Skövde. Syftet är att med pengar från KK-stiftelsen och genom ett nära samarbete stärka näringslivets konkurrenskraft och Högskolans forskningsmiljö. Programchef är Jörgen Hansson och Jane Synnergren, Göran Falkman och Amos Ng representerar var sina forskningsområden inom INFINIT. Foto: Ulf Nyrén
INFINIT är det enskilt största forskningsinitiativet som har gjorts av extern forskningsfinansiär vid Högskolan i Skövde. Syftet är att med pengar från KK-stiftelsen och genom ett nära samarbete stärka näringslivets konkurrenskraft och Högskolans forskningsmiljö. Programchef är Jörgen Hansson och Jane Synnergren, Göran Falkman och Amos Ng representerar var sina forskningsområden inom INFINIT. Foto: Ulf Nyrén
INFINIT är det enskilt största forskningsinitiativet som har gjorts av extern forskningsfinansiär vid Högskolan i Skövde. INFINIT stöds av KK-stiftelsen och är ett tioårigt initiativ som syftar till att stärka näringslivets konkurrenskraft och högskolans forskningsmiljö.

Detta ska ske genom samproduktion i nära samarbete med näringslivet för att söka lösningar på aktuella problem och utveckla morgondagens innovationer. Förkortningen INFINIT står för INnovationsdriven Forskning i INdustrisamverkan med stöd av IT. Det övergripande fokuset ligger på digitalisering av näringslivet. Satsningen innebär att Högskolan i Skövde intar en starkare internationell position i områdena Informationsteknologi, Systembiologi och Virtual Engineering.

Två övergripande områden
Jörgen Hansson är programchef för INFINIT.
– Högskolan i Skövde är ett av fem svenska lärosäten där Stiftelsen för kunskaps- och kompetensutveckling gör den här typen av långsiktig satsning. Det som förenar forskningen inom INFINIT är utveckling av digitalt baserade och hållbara produkter, tjänster, system och processer.

Strategiskt samarbete
För högskolans forskare är samverkan med företagen av stort värde.
Amos Ng är professor i automatiseringsteknik och inom hans grupp forskar man på simuleringsbaserad optimering. Forskningen inriktas mot virtuella fabriker och kunskapsdriven optimering.
– Syftet är att möta industrins utmaningar genom att stärka kunskapen inom forskningsområden där vi är bland de ledande i Sverige och mest välkända i världen. Virtuella fabriker innebär att industrin kan utveckla sina produkter, processer och produktionssystem i en digital modell, och därigenom med hjälp av kunskapsdriven optimering fatta beslut utan behov av någon fysisk prototyp.
Avsikten är att företag så tidigt som möjligt i utvecklingsprocessen ska kunna fatta rätt beslut och samtidigt förkorta utvecklingstiden till marknaden samt testa, optimera och verifiera förändringar av befintliga produkter och produktionssystem. Forskningsprojektet samarbetar med flera av Volvoföretagen, Scania, Ikea Industry, ABB, Arla med flera.
Leif Pehrsson är chef för forskning och konceptutveckling inom motortillverkningen på Volvo Cars Engine i Skövde:
– Forskningen och samarbetet har fått allt större betydelse för hur motortillverkningen organiseras. För att få ut produkter snabbt på marknaden så utvecklar vi vår produktion virtuellt. När vi sedan startar produktionen har vi redan utvecklat, testat och verifierat den i datorn och vet att fabriken fungerar.

Avancerade dataanalysmetoder
Jane Synnergren är docent i bioinformatik på Högskolan i Skövde.
– Vi utvecklar stamcellsbaserade modellsystem för läkemedelsutveckling, sjukdomsmodellering och toxicitetstestning och målet är storskaliga screeningmetoder som kan förbättra läkemedelsutvecklingsprocessen och minska behoven av att använda djurförsök. För att öka kunskapen av de biologiska systemen används tekniker som gör det möjligt att studera tusentals gener och proteiner i ett stort antal celler samtidigt. Stora mängder biologisk data genereras och genom avancerad dataanalys bidrar dessa till att öka förståelsen av hur stamceller kan utvecklas till exempelvis leverceller, hjärtmuskelceller eller nervceller.
Inom bioinformatik samarbetar högskolan i stor utsträckning med Astra­Zeneca och Takara Bio Europe. Catharina Ellerström är forskningschef vid Takara.
– Vårt samarbetet bygger på att respektive partner tillför vad den är bäst på. Vi på Takara kommer med vår stamcellsexpertis och Jane och hennes medarbetare tillför förstklassiga bioinformatiska analyser baserat på våra olika celltyper.
Jane Synnergren håller med.
– Att ingå i INFINIT har gett oss de rätta förutsättningar för att utveckla långsiktiga och framgångsrika forskningssamarbeten med våra industripartners. Högskolan får tillgång till företagens kompetens och avancerad teknisk utrustning.

Omfattande AI-forskning
Göran Falkman är biträdande professor i artificiell intelligens (AI).
– Jag har, liksom många av mina kollegor, samverkat med KK-stiftelsen redan innan bildandet av INFINIT. Det fortsatta samarbetet har haft mycket stor betydelse. Exempelvis utvecklar vi taktiska stöd för JAS-piloter tillsammans med Saab Aeronautics och tar fram algoritmer åt AstraZeneca som kan simulera läkemedel digitalt innan man genomför kliniska tester. Vi bedriver också omfattande forskning med företag som Outokumpu och Huawei. INFINIT har lett till att vår forskning inom AI har utvecklats och fördubblats, vilket inte varit möjligt utan den här långsiktiga satsningen.
Jörgen Hansson tillägger:
– Dessutom satsar vi på stark och kontinuerlig samverkan med nationellt viktiga, ofta regionnära, näringslivspartners vilket innebär att forskningen får en direkt näringslivseffekt i området där högskolan verkar.

INFINIT – Högskolan i Skövde
• Den totala forskningsverksamheten inom INFINIT för 2012–2016 finansierades totalt med 417 miljoner kr, och inkluderar företagens insatser, högskolans medfinansiering samt andra forskningsfinansiärer.
• Den vetenskapliga produktionen miljoner till mer än 300 vetenskapliga publikationer för samma period.
• Samverkan har skett och sker med mer än 75 företag.

Kontakta oss för mer information:
Jörgen Hansson
Tel: 0500-448 310
E-post: jorgen.hansson@his.se

Amos Ng
Tel: 0500-448 541
E-post: amos.ng@his.se

Jane Synnergren
Tel: 0500-448 311
E-post: jane.synnergren@his.se

Göran Falkman
Tel: 0500-448 336
E-post: goran.falkman@his.se
www.his.se/infinit

www.his.se/infinit