Etikettarkiv: Bio

Nyckel till framtidens diagnostik och läkemedel

Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav
Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav

Bioinformatik är grundläggande för dagens högteknologiska medicinska och biologiska forskning, där stora mängder data analyseras. På Sahlgrenska Akademin har en avancerad infrastruktur byggts upp, med metoder och verktyg som revolutionerar diagnostik och behandling av sjukdomar.

Bioinformatik är ett tvärvetenskapligt forskningsområde, som rör sig mellan biologi och datavetenskap. Det handlar om datorstödd hantering av DNA-, RNA- och proteinsekvensdata, något som har stor betydelse för nästan all biomedicinsk forskning.
– Det är ett komplext vetenskapligt område, där stora mängder information produceras, bearbetas och analyseras. Vi erbjuder avancerad teknisk utrustning, utbildning och vår egen expertis till forskare inom framför allt biomedicin och naturvetenskap. Vi har också egen forskning inom bland annat metodutveckling, berättar Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin.

Flera discipliner
Faciliteten har experter inom bioinformatik, statistik och mjukvaruteknologi. Fokus är inom genomikdata, inklusive MPS, Massive Parallel Sequencing. Där studeras organismers DNA- och RNA-sekvenser, för att hitta exempelvis mutationer eller olika genuttryck i hela genom samt i enskilda celler.
En viktig del av verksamheten är att utveckla nya metoder, teknologier och strategier inom bioinformatik. I detta samverkar BCF nära ett flertal andra lärosäten: förutom Göteborgs universitet, bland annat Chalmers, Karolinska institutet och Heidelberg universitet.
Exempelvis pågår ett projekt för att utveckla verktyg för icke-invasiv cancerdiagnostik och bedömning av återfallsrisk genom att studera mutationer i gensekvenser. Ett annat projekt är att med AI undersöka variabler i isotoper som används i cancerstrålning, för att identifiera biomarkörer som visar att strålningen är korrekt riktad och doserad. Ytterligare ett forskningsprojekt är att använda MPS-data för att identifiera gener och markörer i lever och blod som förutsäger risk för stroke.

Finansiering avgörande
BCF har stärkts med hjälp av ett stort bidrag från Stiftelsen för strategisk forskning, som Marcela tilldelades i programmet Infrastructure Research Fellows.
– Det har varit avgörande när vi har utvecklat verksamheten och för vår egen forskning. Tyvärr finns inte så mycket finansiering för infrastrukturer, trots att dessa är grundläggande för så mycket annan forskning och kommer så många tillgodo.

Göteborgs Universitet – Bioinformatik

Vår uppgift är att vara en hubb för expertis inom bioinformatik och statistik för forskare och studenter genom att tillhandahålla datanalys, konsulttjänster och utbildning. Syftet är att underlätta och stödja meningsfull och tillförlitlig biomedicinsk forskning i den absoluta frontlinjen, samtidigt som vi erbjuder en konkurrenskraftig arbetsmiljö.

cf.gu.se/bioinformatics

Nationell kraftsamling med fokus på IBD

Jonas Halfvarson, professor vid Örebro universitet. Foto: Kicki Nilsson / Icon Photography
Jonas Halfvarson, professor vid Örebro universitet. Foto: Kicki Nilsson / Icon Photography

– Målet är att identifiera biomarkörer som ska ge patienter bättre diagnos, säkrare prognos och en mer individanpassad behandling säger Jonas Halfvarson, professor vid Örebro universitet som leder BIO IBD, en nationell studie kring inflammatoriska tarmsjukdomar.

IBD är ett samlingsbegrepp för kroniska inflammatoriska sjukdomar i tarmen som Crohns sjukdom och ulcerös kolit, allvarliga sjukdomar som varje år drabbar tusentals svenskar. Jonas Halfvarson är forskningsledare för BIO IBD, en studie som syftar till att ta fram en individanpassad vård och behandling för de som drabbas.
–I likhet med många andra immunologiska sjukdomar ställs vården inför stora utmaningar när det gäller att diagnostisera, prognostisera och sätta in rätt behandling för varje enskild IBD-patient. Vi vill kunna hitta personerna tidigare i sjukdomsförloppet, förutsäga fortsatt sjukdomsutveckling på ett individuellt plan samt identifiera vilken behandling som är mest lämplig för varje enskild patient.
Projektet bygger på samarbete mellan fem svenska universitet som förutom Jonas Halfvarson, ORU, representeras av professor Marie Carlson, UU, docent Lena Öhman, GU, professor Mauro D’Amato, KI och professor Johan Söderholm, LiU.
–Vi bedriver multicenterstudier där patienter identifieras i samband med diagnos och sedan följs över tid. Utifrån det karakteriseras olika molekylära signaturer som kopplas till diagnos, sjukdomsförlopp och behandling, förklarar Jonas Halfvarson.
Forskarna har redan lyckats identifiera ett antal potentiella markörer som nu ska analyseras närmare.
–Förhoppningen är att några av dem ska hålla hela vägen. Det övergripande målet är att förbättra hälso- och sjukvården för människor med IBD och därmed öka deras livskvalitet, fastslår Jonas Halfvarson.

Örebro universitet – BIO IBD

BIO IBD är ett SSF-finansierat projekt med uppdrag att identifiera nya biomarkörer för diagnos, terapisvar och fortsatt sjukdomsutveckling vid IBD, inflammatorisk tarmsjukdom, samt bana väg för exploatering och implementering av dessa biomarkörer i samarbete med svenska företag inom den biomedicinska sektorn. BIO IBD koordineras av Örebro universitet, och samarbetspartners är LiU, KI, UU och GU.

Professor Jonas Halfvarson
Institutionen för Medicinska Vetenskaper
Örebro Universitet
E-post: jonas.halfvarson@oru.se
www.oru.se/bio-ibd