Nyckel till framtidens diagnostik och läkemedel

Presentation
Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav
Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin. Foto: Patrik Bergenstav

Bioinformatik är grundläggande för dagens högteknologiska medicinska och biologiska forskning, där stora mängder data analyseras. På Sahlgrenska Akademin har en avancerad infrastruktur byggts upp, med metoder och verktyg som revolutionerar diagnostik och behandling av sjukdomar.

Bioinformatik är ett tvärvetenskapligt forskningsområde, som rör sig mellan biologi och datavetenskap. Det handlar om datorstödd hantering av DNA-, RNA- och proteinsekvensdata, något som har stor betydelse för nästan all biomedicinsk forskning.
– Det är ett komplext vetenskapligt område, där stora mängder information produceras, bearbetas och analyseras. Vi erbjuder avancerad teknisk utrustning, utbildning och vår egen expertis till forskare inom framför allt biomedicin och naturvetenskap. Vi har också egen forskning inom bland annat metodutveckling, berättar Marcela Dávila Lopez, föreståndare för Bioinformatics Core Facility, BCF, på Sahlgrenska Akademin.

Flera discipliner
Faciliteten har experter inom bioinformatik, statistik och mjukvaruteknologi. Fokus är inom genomikdata, inklusive MPS, Massive Parallel Sequencing. Där studeras organismers DNA- och RNA-sekvenser, för att hitta exempelvis mutationer eller olika genuttryck i hela genom samt i enskilda celler.
En viktig del av verksamheten är att utveckla nya metoder, teknologier och strategier inom bioinformatik. I detta samverkar BCF nära ett flertal andra lärosäten: förutom Göteborgs universitet, bland annat Chalmers, Karolinska institutet och Heidelberg universitet.
Exempelvis pågår ett projekt för att utveckla verktyg för icke-invasiv cancerdiagnostik och bedömning av återfallsrisk genom att studera mutationer i gensekvenser. Ett annat projekt är att med AI undersöka variabler i isotoper som används i cancerstrålning, för att identifiera biomarkörer som visar att strålningen är korrekt riktad och doserad. Ytterligare ett forskningsprojekt är att använda MPS-data för att identifiera gener och markörer i lever och blod som förutsäger risk för stroke.

Finansiering avgörande
BCF har stärkts med hjälp av ett stort bidrag från Stiftelsen för strategisk forskning, som Marcela tilldelades i programmet Infrastructure Research Fellows.
– Det har varit avgörande när vi har utvecklat verksamheten och för vår egen forskning. Tyvärr finns inte så mycket finansiering för infrastrukturer, trots att dessa är grundläggande för så mycket annan forskning och kommer så många tillgodo.

Göteborgs Universitet - Bioinformatik
Vår uppgift är att vara en hubb för expertis inom bioinformatik och statistik för forskare och studenter genom att tillhandahålla datanalys, konsulttjänster och utbildning. Syftet är att underlätta och stödja meningsfull och tillförlitlig biomedicinsk forskning i den absoluta frontlinjen, samtidigt som vi erbjuder en konkurrenskraftig arbetsmiljö.

cf.gu.se/bioinformatics


Publicerad: 18 juni, 2020