Beräkningsmodeller i cancerforskningens tjänst

Presentation
Sven Nelander, professor i integrativ cancerforskning vid Uppsala universitet. Foto: Mikael Wallerstedt
Sven Nelander, professor i integrativ cancerforskning vid Uppsala universitet. Foto: Mikael Wallerstedt

Sven Nelander, professor vid Uppsala universitet, leder ett projekt där forskarna med hjälp av data matchar redan befintliga läkemedel mot olika cancersjukdomar. Uppmärksamheten blev stor när de i höstas lyckades identifiera en ny möjlig behandling mot nervcancer hos barn.

Bilden föreställer ett zebrafiskyngel med cancerceller (gröna) i nervsystemet. Forskarna använde denna typ av djurmodell för att utvärdera nya behandlingar. Bild: Elin Almstedt
Bilden föreställer ett zebrafiskyngel med cancerceller (gröna) i nervsystemet. Forskarna använde denna typ av djurmodell för att utvärdera nya behandlingar. Bild: Elin Almstedt
– Vi har utvecklat en datoralgoritm som kan matcha stora mängder genetisk information med information om läkemedel från sjukhus och universitet runt om i världen. Matchningen resulterade i en helt ny behandlingsidé som vi testat i laboratoriemodeller, där algoritmens förslag visat sig försämra både tumörtillväxt och cancercellernas överlevnad, berättar Sven Nelander.
Ett annat forskningsspår fokuserar på glioblastom, en särskild form av cancer i hjärnan hos vuxna, med få behandlingsalternativ och dålig prognos.
– Tack vare en unik biobank med celler från glioblastompatienter som byggts upp av forskare vid Uppsala universitet har vi kunnat skapa en testpanel med försöksmodeller. Eftersom cellerna i vår biobank är intakta kan vi både återskapa tumörer i laboratoriemodeller och studera panelerna genom cellodlingar.
Det forskarna sett hittills är dels att olika celler från patienter svarar olika på samma läkemedel, dels att cellerna har olika växtsätt.

Nya behandlingskandidater
– Vi har valt ut typiska patientfall där tumörcellerna har karaktäristiska växtsätt och genom avancerade gensekvenseringsmetoder fått fram cirka 10000 enskilda celler vars genuttryck vi nu mäter. Uppsorteringen av tumörceller från samma patient gör det möjligt att se variationen av cellernas växtsätt. Informationen kan vi sedan använda för att förstå vad som särskiljer olika växtsätt hos tumörceller i hjärnan.
Hypotesen är att de olika växtvarianterna, som ofta finns i en mix hos varje patient, måste behandlas på olika specifika sätt.
– Nästa steg är att med hjälp av våra cellmodeller testa olika behandlingstekniker där samma beräkningsmetoder som i vårt andra projekt används för att ta fram alternativ.
På sikt är målet att få fram nya behandlingskandidater för fler tumörsjukdomar än glioblastom.
– Vi är redan inne på att undersöka flera typer av cancer med våra metoder. Förhoppningen är att fler cancerpatienter ska få en mer individanpassad behandling, fastslår Sven Nelander.

Uppsala universitet – Integrativ cancerforskning
Nya integrativa strategier mot cancer i hjärnan, är en omfattande tvärvetenskaplig satsning för att etablera nya behandlingar mot glioblastom med hjälp av systembiologisk metodik. Forskningen stöds av Stiftelsen för strategisk forskning, Vetenskapsrådet, Cancerfonden och Barncancerfonden.

Sven Nelander
Professor i integrativ cancerforskning
Institutionen för Immunologi, Genetik och Patologi
Uppsala universitet
E-post: sven.nelander@igp.uu.se
www.uu.se


Publicerad: 18 juni, 2020