Här utvecklas framtidens smarta mikroskopi

Utvecklingen av nästa generation smarta mikroskopi innebär en kraftfull kombination av automatiserade arbetsflöden, bildanalys och maskininlärningstekniker. Vid Centre for Cellular Imaging på Göteborgs universitet pågår ett SSF-finansierat forskningsprojekt där man utvecklar framtidens smarta mikroskopi för en bred målgrupp.

– Smart mikroskopi, som innebär att mjukvaran i mikroskopen med hjälp av bland annat AI kan programmeras för att analysera prover samtidigt som den fattar beslut baserat på bildinnehållet utan manuell hantering, är ett område som för närvarande utvecklas i mycket snabb takt. Det råder ingen tvekan om att den smarta mikroskopin på sikt kan generera ett paradigmskifte i forskarvärlden, exempelvis på bildinsamlingsområdet, säger Rafael Camacho, vetenskaplig specialist vid CCI, som sommaren 2022 tilldelades SSF:s bidrag Fellows 2 för att under en femårsperiod utveckla smarta mikroskop.
Forskningen sker inom Core Facilities forskningsinfrastruktur, vilket innebär att tjänsten görs tillgänglig för forskare lokalt på GU men också för en bred målgrupp nationellt och internationellt.
– Vårt projekt ska ta fram standarder och tillgängliggöra avancerad utrustning för fler forskare genom att paketera smart mikroskopi-arbetsflöden som en tjänst. Smart mikroskopi öppnar helt nya möjligheter för kvantitativ informationsanalys via automatiserad inhämtning av information. För att på sikt kunna erbjuda smart mikroskopi som en tjänst för det globala forskarsamhället krävs tvärvetenskaplig samverkan samt att vi involverar mikroskoptillverkarna. Vår ambition är att de ska samarbeta med oss för att ta fram nya standarder för sina produkter, säger Rafael Camacho.

Gör resultaten tillgängliga globalt
CCI ingår i svenska NMI och SciLifeLab där forskare från hela Sverige kommer att kunna ta del av utvecklingen. Genom BNMI och Eurobioimaging kommer även forskare från Europa och globalt att kunna utnyttja projektets resultat. Rafael Camacho fokuserar för närvarande på att samverka med andra forskare i specifika case för att identifiera metoder som kan komma till nytta för forskningen. Målet är att bygga en kritisk massa av välgrundade användare med intresse för smart mikroskopi.
– CCI:s breda användarbas och framgångsrika historik inom mikroskopiforskning ger oss en utmärkt position att utveckla nya arbetsflöden för bildbehandlingsapplikationer i nära samarbete med avancerade användare, såväl som mikroskopiindustrin och andra partner. De pågående pilotprojekten utgör det första steget i utvecklingen av smart mikroskopi som en tjänst, säger Rafael Camacho.