Pandemin blev katalysator för snabb datadelning

När coronaviruset slog till fick Johan Rung och hans medarbetare på SciLifeLab Data Centre snabbt ställa om och bygga en nationell dataportal för covid-19. Vad de inte visste då var att pandemin skulle ändra hela landskapet för delning av livsvetenskapliga data.

Det har gått sju år sedan Johan Rung startade SciLifeLab Data Centre för att stärka Sveriges förmåga att hantera data inom life science, med fokus på att tillhandahålla en nationell datainfrastruktur och stödfunktioner för forskare och serviceenheter. Förra året beslöt SSF att stödja arbetet genom ett anslag till Johan som Research Infrastructure Fellow för projektet En nationell e-infrastruktur för livsvetenskapliga data. Sedan starten har det hänt en hel del, både i projektet och i omvärlden. Pandemin fungerade i det här fallet som en katalysator för datadelningsbehovet. Den stora skjutsen kom när Europakommissionen bestämde att datadelning var en förutsättning för att kunna bekämpa pandemin.
– EU satsade på en europisk plattform för delning av virusdata där alla medlemsländer skulle jobba mot samma plattform. I Sverige var det Vetenskapsrådet som fick uppdraget och de i sin tur gav oss uppgiften att bygga en nationell dataportal för covid-19, berättar Johan.
Sagt och gjort. SciLifeLab-ledningen prioriterade om så att nödvändiga personella resurser kunde läggas på uppgiften.
– Det i kombination med att allt vi gjort för att utveckla datatjänster gjorde att vi kom i gång snabbt och kunde lansera Sveriges covid-19-portal långt före andra länder. Källkoden till dataportalen lade vi ut öppet. Det gjorde att många andra länder i världen började bygga sina pandemiportaler med hjälp av vår kod.

Ökat tempo
Hanna Kultima, vice föreståndare vid SciLifeLab Data Centre, berättar att tempot i datadelningen mellan olika forskargrupper ökade markant under pandemin.
– Nya rön delades nästan i realtid och vår plattform blev ett fönster att gå till för att följa utvecklingen. Pandemin ändrade hela landskapet för delning av forskningsdata, allt går betydligt fortare idag.
Covid-19 blev också starten på en helt ny dimension av arbetet med det ursprungliga uppdraget, att bygga en nationell e-infrastruktur för livsvetenskapliga data.
– Pandemin fungerade som katalysator för datadelning, en tid då vi även lärde oss hur vi bäst samarbetar med andra aktörer och hur vi skapar en plattform som kan användas både för att inhämta och dela data, och för tjänster och modeller. I princip fortsätter vi på samma spår som under pandemin med den skillnaden att arbetet utvidgats från att enbart omfatta virusdata till att täcka hela livsvetenskapsfältet, säger Hanna.

DDLS
SciLifeLab Data Centre har även ett annat spännande uppdrag som är knutet till ett forskningsprogram för datadriven livsvetenskap, DDLS-programmet, som SciLifeLab organiserar på uppdrag av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.
– Idag handlar forskning inte bara om att ha en hypotes, göra experiment, samla in data och få ett resultat i slutänden. I ökande grad drivs forskningen av tillgången till stora mängder öppna data. Det är här som mycket av forskningen börjar, det är alltså data i sig som driver forskningen, förklarar Johan.
Syftet med DDLS-programmet är att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetenser inom beräknings- och datavetenskap för life science i Sverige.
– Vi har hand om datasupport och datatjänster för hela programmet vilket gjort att vi kunnat bygga upp en nationell verksamhet, i samarbete med de universitet som ingår i DDLS-programmet. Det bidrar till att forskargrupper runt om i landet har tillgång till de data, verktyg, tjänster, AI-modeller och applikationer som krävs för att de ska få ut så hög utväxling som möjligt av sitt arbete.
Johan avslutar med att konstatera att Sverige har en enorm potential inom life science-sektorn.
– Vi måste se till att alla nödvändiga verktyg finns tillgängliga för landets forskargrupper, på så vis kan deras arbete komma till maximal nytta. Det arbete som görs här på SciLifeLab Data Centre är en viktig del av den strävan.

Klicka här för att läsa mer om SciLifeLab Data Centre