Systembiologisk metodik mot glioblastom

Vid Institutionen för Immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet bedrivs en omfattande tvärvetenskaplig forskningssatsning som etablerar nya behandlingar mot hjärncancerformen glioblastom med hjälp av systembiologisk metodik. Målet med forskningen är att ta reda på vilken betydelse regleringen av geners aktivitet har i cancerceller.

Hjärntumören glioblastom är den vanligaste primära cancern i hjärnan, med få behandlingsalternativ och dålig prognos. Forskningssatsningen, som leds av professor Sven Nelander, kartlägger bland annat hur systembiologiska modeller som beskriver hur celler från en viss patient svarar på läkemedel eller genetiska störningar. Systembiologi innebär att vi kombinerar matematiska modeller, datorsimuleringar och experiment för att förstå komplexa biologiska system, exempelvis samspelet i en cell eller vävnad. Metoderna kommer att vara användbara för såväl cancerforskare som kliniska forskare. Den spetsmetodik som utvecklas kan även tillämpas på andra cancerformer. Till sin hjälp har forskarna en unik biobank med över 100 patientspecifika uppodlade cancerstamcellskulturer från glioblastompatienter.

Pusselbit i framtidens behandling
– Jag använder bildanalys för att kvantifiera och kartlägga invasiva egenskaper hos glioblastomceller. Genom att samla in bilddata som visualiserar cancercellernas karaktär strävar jag efter att identifiera biomarkörer som i framtiden kan behandlas med läkemedel. Med AI kan bilderna analyseras på ett sätt som inte varit möjligt tidigare, säger Emil Rosén, doktorand i Sven Nelanders forskargrupp.
– I mitt doktorandprojekt analyserar jag storskalig molekylär data och strävar efter att hitta ett sätt att mäta de subgrupper av tumörceller som snabbt kan skifta karaktär. Jag följer cellerna över tid för att se hur de ändrar funktion. Min forskning kan förhoppningsvis utgöra en pusselbit i arbetet med att utveckla framtidens individbaserade behandling för glioblastompatienter, säger Ida Larsson, doktorand i Sven Nelanders forskargrupp.
– I min forskning arbetar jag laborativt med att visualisera subgrupper av celler med bland annat CRISPR och fluorescerande proteiner. Vi vill undersöka bland annat hur subgrupperna påverkas när vi behandlar med läkemedel, och hur de påverkas när vi injicerar dem i en mus eller fisk. Ambitionen är att på ett enklare sätt visualisera de skiftningar som sker över tid eller vid behandlingar, säger Rebecka Stockgard, doktorand i Sven Nelanders forskargrupp.