Studerar hur Covid-19 kan bygga virusfabriker

– Vi har utvecklat en metod som bidrar till att förstå hur Covid-19 invaderar mänskliga celler och gör om dem till virusfabriker. Informationen kan användas som plattform för utveckling av behandling mot Coronaviruset, säger Ylva Ivarsson, professor vid Uppsala universitet.

För två år sedan beviljades Ylva Ivarsson och hennes forskargrupp på Biomedicinskt centrum vid Uppsala universitet ett stort SSF-anslag för att kartlägga interaktioner mellan humana proteiner och virusproteiner med inriktning på sjukdomar som influensa, Ebola och HIV. Halvtidsrapporten var i stort sett klar när Coronapandemin slog till.
– Det kändes naturligt att använda vår plattform för att ta oss an detta kritiska problem. Startsträckan låg redan bakom oss vilket gjorde att vi snabbt kunde optimera våra resurser och styra om verksamheten till att söka efter interaktioner mellan mänskliga proteiner och coronavirusproteiner.
Ylva Ivarsson förklarar att virusproteiner måste använda sig av cellens maskineri för att producera mera virus. Det innebär att de använder sig av proteininteraktioner för att omvandla den mänskliga cellen till en virusproducerande fabrik.
– Vi har utvecklat en unik metod som gör att vi kan kartlägga interaktioner som är svåra att finna med andra tillvägagångssätt.

Snabba resultat
Eftersom personer, nätverk och alla nödvändiga resurser redan fanns på plats i projektet har gruppen snabbt kunnat gå från ord till handling.
–Vi har redan producerat i stort sett samtliga coronavirusproteiner, renat fram dem och gjort en första screening där vi funnit ett antal nyckelinteraktioner som även matchats mot mänskliga proteiner. Ett arbete som resulterat i preliminära resultat som vi släpper i BioRxiv-format i början av juli.
Just nu pågår validering och bioinformatisk analys av resultaten.
– Här ingår även en kartläggning av eventuella befintliga hämmare och läkemedel mot de mänskliga målproteinerna. Om så är fallet kan dessa bli måltavlor för behandling mot Covid-19.
Gruppen har ett nyligen etablerat samarbete med Anna Överby Wernstedt och hennes forskargrupp vid Umeå universitet som nu hjälper till med testning av hämmare mot Covid-19.
– Samarbete med andra forskargrupper är en förutsättning för framgång, ingen kommer att lösa problemet med Covid-19 på egen hand. Förhoppningsvis hittar vi ett par nyckelinteraktioner som vi, eller andra, kan utveckla till en framtida behandling mot Corona, fastslår Ylva Ivarsson.